Биологи под управлением известного генетика Джорджа Черча сделали способ секвенирования РНК in situ, который позволяет составить карту экспрессии тыщ генов в масштабах от субклеточного уровня до целого мозга либо зародыша. Потом из клеток убирают мембраны, при всем этом РНК, ДНК и белки остаются фиксированы в матрице (этот способ «просветления» был придуман не так давно с целью получения прозрачного мозга). РНК при помощи оборотной транскриптазы переводят в подобающую ДНК-копию, которую потом неоднократно амплифицируют. В итоге из одной молекулы РНК появляется кластер схожих фиксированных молекул («наношарик»).

В этом случае секвенирование FISSEQ позволяет найти последовательности молекул РНК, которые находятся в различных частях клеточки. Секвенирование проходит с высочайшим, напоминающим оптическую микроскопию разрешением.

Процедура смотрится последующим образом. Поначалу эталон фиксируют и разрезают на тонкие слои. Описание способа размещено в Science, коротко о нем можно поглядеть в ролике Nature News.Способ получил заглавие FISSEQ (флюоресцентное секвенирование РНК in situ). Латинским выражением in situ биологи обозначают те способы, которые дают пространственную информацию, — данные которых привязаны к определенной точке клеточки либо организма. В нем представлена не вся начальная РНК, а только ее кусок, но этого куска довольно для надежной идентификации всей молекулы. Потом употребляются уже известные способы пиросеквенирования: к эталону добавляют меченые основания, и во время синтеза новых копий ДНК в различных точках эталона загораются различные сигналы.

До изобретения FISSEQ биологи могли или установить пространственное рассредотачивание нескольких РНК (способ мечения in situ FISH), или выяснить последовательность всех РНК, но утратить при всем этом пространственную информацию (секвенирование). Новый способ соединяет обе способности, что, возможно, приведет к возникновению нового класса исследовательских работ в эмбриологии и исследовательских работах мозга.